Reconheço que não procurei detalhes e nem o porquê de acontecer isso, mas o layout do teclado volta para o Inglês (EN) após cada reboot. Desconfio que de alguma maneira ao iniciar o X ele reconheça meu teclado (Logitech Wireless Keyboard K270) como EN ao invés de pt_BR, pois o mesmo problema não ocorreu com um teclado PS/2 comum. Tentei todas as configurações possíveis e no fim a solução mais simples foi... Instalar o mini aplicativo de seleção de teclado no painel e configurá-lo para dar prioridade ao layout pt_BR.